Trong hơn hai thập niên thực hiện công cuộc đổi mới, nông nghiệp, nông dân và nông thôn nước ta đã có bước phát triển nhất định, góp phần quan trọng vào sự ổn định của đất nước. Tuy nhiên, thực tiễn cho thấy, nông nghiệp, nông dân, nông thôn đang đứng trước những khó khăn, thách thức rất lớn. Sự phát triển của nông nghiệp đã có dấu hiệu tăng trưởng chậm lại và thiếu tính bền vững; nông thôn đang có chiều hướng tụt hậu; đời sống của nông dân nhìn chung còn thấp, ở nhiều vùng chậm được cải thiện, tỷ lệ hộ nghèo còn cao, phát sinh nhiều vấn đề xã hội bức xúc.

Việt Nam là một trong số ít quốc gia tăng trưởng kinh tế ngoạn mục trong hơn hai thập niên qua, mà nền tảng của sự phát triển đó có không ít đóng góp của các sản phẩm nông nghiệp. Thế nhưng, chủ thể làm ra hạt lúa, cà phê, con tôm, con cá... mang lại lợi ích to lớn cho đất nước là người nông dân thì lại đang gánh chịu nhiều thiếu thốn, thiệt thòi. Nhà khoa học gắn liền với nông dân và đồng ruộng, GS Đào Thế Tuấn nhận xét: "Nghịch lý thay, nông dân từng là "chủ lực quân của cách mạng giải phóng dân tộc”, cũng là người lặng lẽ âm thầm khởi xướng công cuộc đổi mới, nhưng lại ít được hưởng lợi nhất từ đổi mới. Đáng lo hơn, nông dân đang trở thành bộ phận yếu thế nhất trong xã hội... Quyền lợi của nông dân không được bảo vệ, nông dân thiếu chủ quyền về đất đai, mất đất không có ai bênh vực...”. Quá trình phát triển công nghiệp và đô thị hoá thiếu kiểm soát đã đưa tới một hệ lụy đáng buồn làm "méo mó” diện mạo tích cực của nông thôn và nông dân Việt Nam những năm gần đây. Các chuyên gia còn cho rằng, môi trường nông thôn hiện đang chịu đựng sự xuống cấp còn nặng nề hơn cả đô thị do phải làm "bãi rác” cho đô thị. Hệ lụy từ chất thải của các khu công nghiệp mọc lên như nấm sau mưa ở các địa phương đã làm ô nhiễm nhiều con sông, ao hồ cùng đất đai canh tác, khiến cho cuộc sống và cảnh quan của nhiều vùng quê bị biến dạng.

TS Đặng Kim Sơn, Viện trưởng Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp, nông thôn thừa nhận, nông nghiệp nói chung chưa nhận được sự đầu tư tương xứng so với sự đóng góp to lớn của nó cho sự tăng trưởng kinh tế quốc gia. Ông Sơn cho rằng, bất cứ quốc gia nào có xuất phát điểm kinh tế từ nền nông nghiệp cũng đều phải có chiến lược đầu tư ban đầu cho nông nghiệp rất lớn. Ông Sơn lấy ví dụ có một chuyện ngược đời ở Việt Nam, một quốc gia có 70% dân số sống ở nông thôn, 50% lao động trong lĩnh vực nông nghiệp, thế mà các cơ sở nghiên cứu khoa học nông nghiệp lại toàn đặt ở thành thị. Những chính sách khuyến nông của nước ta hiện nay cũng chỉ dừng lại ở mục tiêu xoá đói giảm nghèo là chính, chưa khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực nông nghiệp để có lợi nhuận.

Cố Thủ tướng Võ Văn Kiệt từng lên tiếng trên các báo hồi tháng 4-2008 cảnh báo về thực trạng nghèo hóa của người nông dân. Theo ông, người nông dân chịu thiệt thòi một cách trực tiếp trong quá trình công nghiệp hóa. Mỗi khi có những nhà máy, những khu công nghiệp, những đô thị mọc lên, những phúc lợi xã hội mà sự phát triển mang lại cho nông dân chỉ chiếm một giá trị rất nhỏ so với lợi nhuận mà đất đai của nông dân đem lại cho những tầng lớp khác. Công nghiệp hóa theo kiểu tiếp nhận những đầu tư, chủ yếu khai thác lao động rẻ, tuy có giải quyết được công ăn việc làm có tính nhất thời cho một số lao động thiếu việc làm, về lâu dài không thể nào thay đổi cuộc sống nghèo khó của nông dân. Trong khi đó, việc trả giá về mặt tinh thần là rất lớn vì đa số những nông dân này đang phải ly hương, ly gia để có việc làm. Công nghiệp hóa, đô thị hóa của chế độ ta mà không nhất quán quan điểm, không xuất phát từ người nghèo (số đông) thì chúng ta không tránh khỏi làm sâu sắc thêm khoảng cách giữa hai tầng lớp giàu nghèo.

Các văn kiện chính thức của Đảng và Nhà nước ta hiện nay cho thấy, có nhiều cách tiếp cận để nhận diện các nguyên nhân, song nhìn tổng thể và suy đến cùng thì nguyên nhân chủ quan vẫn là chủ yếu. Nó được thể hiện trong hoạt động lãnh đạo và quản lý, sự quan tâm chưa xứng tầm với vai trò của nông nghiệp, nông dân và nông thôn trong đời sống kinh tế - xã hội và những đòi hỏi đặt ra từ thực tiễn. Thời gian qua, để tăng GDP, các địa phương mới chỉ chú trọng phát triển các khu công nghiệp, cụm công nghiệp và phát triển các khu đô thị mới. Việc thu hồi đất nông nghiệp đã làm cho diện tích đất canh tác bị thu hẹp. Bài toán toàn dụng lao động trong nông nghiệp, nông thôn và các vấn đề xã hội nảy sinh do việc thu hồi đất nông nghiệp chưa tìm ra lời giải thoả đáng. Những dòng lao động di dịch đã "kéo” lực lượng lao động trẻ khoẻ và có kiến thức ra khỏi địa bàn nông thôn làm xuất hiện tình trạng lao động nông nghiệp tại nhiều địa phương chỉ còn lại chủ yếu là phụ nữ và người cao tuổi, ảnh hưởng không nhỏ đến sự tăng tốc và tính bền vững của sự phát triển nông nghiệp và nông thôn. Lực lượng lao động không được toàn dụng, mức thời gian lao động thấp dẫn đến giảm thu nhập. Trong điều kiện lạm phát tăng cao như hiện nay, vấn đề càng trở nên hết sức bức xúc. Hiện trạng về khoảng cách giàu nghèo giữa khu vực thành thị và nông thôn có xu hướng tăng lên là một thực tế.